L’Hôpital d'Instruction des Armées Omar Bongo Ondimba (HIA-OBO) est placé sous l’autorité de la Direction Générale du Service de Santé Militaire (DGSSM). Il est doté d’un Conseil d’Administration qui définit et oriente la stratégie générale de cet établissement, conformément aux objectifs du Service de Santé Militaire. Il jouit d'une autonomie de gestion.

L’Hôpital d’Instruction des Armées Omar Bongo Ondimba (HIA-OBO) est placé sous l’autorité d’un Médecin Chef Commandant l’hôpital, assisté dans l’exercice de ses fonctions  par un Commandant en Second nommé tous deux par décret du Président de la République.

L’Hôpital d'Instructions des Armées Omar Bongo Ondimba (HIA-OBO) comprend :

• Le Commandement
  

• Les structures d’administration et de gestion
  

• Les départements cliniques et médico-techniques.

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